Giải thưởng "Man of the Year" của Gotham được trao cho Bruce Wayne với Lex Luthor là người đứng sau. Đột nhiên một nhóm các nhân vật phản diện của Batman (Penguin, Riddler, Harley Quinn, Two-Face vàJoker) xuất hiện. Bruce Wayne bước ra để mặc Batsuit và trở thành Batman. Cùng với Robin, Batman đối mặt và đánh bại tất cả các nhân vật phản diện, nhưng Joker trốn thoát [7][3][8]. Sau khi một cuộc truy đuổi quyết liệt, Joker bị bắt giữ và ném vào Arkham Asylum. Ít lâu sau đó, Lex Luthor giải thoát Joker bằng cách sử dụng một vũ khí gọi là "Deconstructor" (có khả năng phá vỡ các vật màu đen và được nạp năng lượng bởi kryptonite). Joker sau đó sử dụng loại vũ khí này để giải phóng tất cả các tù nhân của Arkham. Batman được gọi đến để bắt lại các nhân vật phản diện. Sau khi bắt giữ một số nhân vật phản diện trong mê cung của Asylum, anh phát hiện ra miếng gạch có tín hiệu năng lượng từ vũ khí của Luthor.

Khi biết được về một vụ xâm nhập ở Ace Chemicals, Batman và Robin tìm kiếm các đầu mối về âm mưu của Joker. Sau khi một vụ nổ bắt đầu phá hủy nhà máy, Dynamic Duo được giải cứu bởi Superman. Batman sau đó tìm ra được kế hoạch của Joker. Các chất hóa học bị đánh cắp từ nhà máy mặc dù không đặc biệt nguy hiểm nhưng có thể được kết hợp để tạo thành một kryptonite tổng hợp. Đưa tín hiệu vào máy tính của Batmobile, Batman và Robin bắt kịp đoàn xe của Lex Luthor và thâm nhập vào nó. Sau một cuộc giao tranh ngắn, Batman bị đánh bật ra và phải lái Batmobile. Tuy nhiên Joker hoàn thành được kryptonite tổng hợp và nạp năng lượng cho vũ khí của Luthor để phá hủy Batmobile. Trở lại Batcave, Batman cố gắng tìm ra động thái tiếp theo của Luthor khi đột ngột họ bị tấn công bởi Lex Luthor và Joker. Không có lối thoát, Batman miễn cưỡng cho phép Robin gọi Superman để được giúp đỡ và họ thoát ra khỏi hang trước khi nó bị sụp đổ.

Batman và Superman lập thành một đội và tấn công khí cầu khổng lồ của Luthor. Batman bị ném ra khỏi tàu sau khi đối mặt với Lex Luthor và được Superman. Nhóm World's Finest sau đó cố gắng xâm nhập vào trụ sở chính của LexCorp ở Metropolis, nhưng bị bắt và buộc phải chiến đấu để tiến vào sâu hơn. Sau khi tiến vào trung tâm của tòa nhà giống pháo đài, Luthor cho thấy một robot khổng lồ dựa trên Joker và quay trở lại Gotham. Sau khi cố gắng để phá hoại robot trên đường đến Gotham, Superman và Batman bị rơi ra và khi nguồn năng lượng Kryptonite bị hở thì Superman bắt đầu để mất sức. Một Superman suy yếu và Batman sau đó nhận ra kế hoạch Luthor: sử dụng loại khí đặc biệt của Joker, hắn có thể làm cho tất cả mọi cử tri đồng ý và giành chiến thắng trong cuộc tranh cử Tổng thống. Batman và Superman sau đó tấn công robot một lần nữa và khiến nó rơi xuống. Sau khi gây ra thêm thiệt hại cho robot, Batman khiến kryptonite của nó rơi ra và tạo ra một bộ mặt Joker khổng lồ có thể được nhìn thấy từ Watchtower. Đổi lại, Justice League được gọi đến Gotham bởi Martian Manhunter. Nhận ra rằng mình đã bị đánh bại, Lex Luthor bắt đầu tấn công Wayne Tower. Justice League đến giúp Batman và Superman và ngăn chặn và phá hủy thành công robot. Với tất cả các tù nhân Arkham, Lex Luthor và Joker bị bắt, Batman nói rằng thật tốt khi có những người bạn mà anh có thể gọi đến trong lúc cần thiết. Tất cả bọn họ sau đó quyết định sửa chữa Batcave với Green Lantern bắn một chùm năng lượng xanh vào không gian để gọi một số Green Lantern khác đến giúp.

Trong một gợi ý về một trò chơi trong tương lai, Brainiac được nhìn thấy là đang quan sát một chùm năng lượng trong khi thốt lên "Ta đã xác định được nó." [9]